El Puerto Bahía de Algeciras cumple el Código de Conducta Ambiental de la ESPO (Organización de Puertos Marítimos Europeos), respeta los convenios, directivas y acuerdos internacionales destinados a proteger el medio ambiente y asume la legislación española medioambiental vigente.

Entre sus aspectos medioambientales más importantes caben destacar:

Los servicios de recogida de residuos generados por los buques regulados por el Convenio Internacional MARPOL.

Una moderna Planta de Tratamiento Total, única en Andalucía y de las pioneras en España. Planta que mediante procedimientos físicos y vertidos nulos al medio ambiente, logra separar los componentes de los residuos y obtener combustibles aptos para su comercialización e integración en nuevos procesos productivos.

Precios absolutamente competitivos, que unidos a las bonificaciones en las tarifas portuarias que la APBA aplica a sus usuarios, resulta prácticamente gratuito.

Todo ello, controlado por un nuevo Centro Local de Coordinación de Salvamento de SASEMAR, que dispone de medios marítimos con base en Algeciras para la lucha contra la contaminación.